La maggior parte delle volte questo disturbo è connesso a una cattiva digestione. La digestione un insieme coordinato di complesse operazioni meccaniche e biochimiche esercitate dall’apparato digerente mediante le quali le sostanze contenute negli alimenti introdotti nell’organismo vengono modificate per essere assorbite e utilizzate dall'organismo stesso. In alcuni casi la digestione può non svolgersi nel migliore dei modi per diversi motivi - può capitare infatti di aver mangiato troppo e/o troppo velocemente e/o di aver consumato cibi troppo pesanti, o di aver preso freddo durante la digestione: è in questi casi che si parla di "cattiva digestione".

Spesso il mal di stomaco è un disturbo passeggero che regredisce autonomamente o mediante pochi e semplici interventi comportamentali- come evitare il consumo di determinati cibi che possono peggiorare la condizione - e farmacologici - come assumere, esclusivamente dietro consiglio medico, antiacidi (contro il bruciore), procinetici (medicinali in grado di favorire lo svuotamento dello stomaco), antibiotici (esclusivamente nel caso di infezioni batteriche), analgesici (per lenire il dolore). In alcuni casi, però, il mal di stomaco può essere indicatore di condizioni mediche più serie, tra cui allergie e intolleranze alimentari, ulcera gastrica, morbo di Crohn, ernia iatale: è per questo che, in caso di dolore allo stomaco, è sempre consigliabile farsi visitare dal proprio medico di fiducia.